Muzeum kieruje i zarządza Dyrektor na zasadzie jednoosobowego kierownictwa, ponosząc odpowiedzialność przed Zarządem Województwa Kujawsko-Pomorskiego za całokształt działalności i wyniki pracy instytucji.

Dyrektorowi podlegają bezpośrednio: wicedyrektor, gł. księgowa, kierownicy działów.

Dyrektora wspiera Rada Muzealna.

Działalność Muzeum oparta jest na rocznych planach pracy.